「衛生署流感疫情防治協調會報」第一次會議於101年1月3日首次招開，參見新聞稿 ，內容略以：
流感疫情即將進入高峰期，門、急、住診病例持續增加；目前主要流行病毒株仍以B型為主，自2011年7月1日起迄今累計共295例流感併發症確定病例，依據疫情監視及預警系統資料顯示，門診類流感病例百分比1.89較前週1.61上升14.8%；急診類流感病例百分比15.9較前週13.07上升21.7%。...可能在農曆春節前後達到最高，衛生署密切監視與因應疫情發展。
其重要決議，包括下列六大措施：
1.每日召開流感疫情防治協調會報，...並統一公布疫情。
2.避免流感輕症病患湧入，造成急診壅塞及交叉感染，23家署立醫院將於101年1月5日前，全面開設類流感門診。
3.113家區域級以上醫院，當類流感就診病例數佔急診總就診人次之20%時，於假日設立類流感特別門診，平日則擴充或指定類流感門診，以紓解流感病患，並避免造成交叉感染。
4. 5. 6. (略)
並於1月6日的「疾病管制局致醫界通函第136號」中披露--因應疫情趨勢，請醫師留意病患流感併發症早期危險徵兆及可能之相關感染，共同防治流感。
出現本年第3例腸病毒71型重症死亡個案
疾病管制局致醫界通函第130號 (2011-11-04公佈)
壹. 臺灣歷年皆以腸病毒71型為造成重症及死亡之主要型別，本年迄今已有20例重症個案，皆由該型病毒造成。
貳. 腸病毒病程可能在4至6小時內急轉直下，如未密切監測，容易錯失救命時機。...應密切監測其生命徵象，如血壓、心搏、呼吸次數等，以掌握治療黃金時機，及時救治。腸病毒感染併發重症之前驅病徴如下：(詳見"腸病毒 71 型感染併發重症臨床處理注意事項"-壹)
一、嗜睡、意識改變、活力不佳、手腳無力。上述一般神經併發症多在發疹二至四天後出現。
二、肌躍型抽搐（類似受到驚嚇的突發性全身肌肉收縮動作）。
三、持續嘔吐。
四、持續發燒、活動力降低、煩躁不安、意識變化、昏迷、頸部僵硬、肢體麻痺、抽搐、呼吸急促、全身無力、心跳加快或心律不整等。
参. 疑似腸病毒重症轉診時機 (詳見"腸病毒 71 型感染併發重症臨床處理注意事項"-參)
一、神經系統病徵：包括持續昏睡、持續嘔吐、頻繁肌躍型抽搐、意識改變、急性肢體麻痺、抽搐、顱神經功能異常等神經學異常。
二、交感神經病徵：包括臉色蒼白、血壓上升、體溫正常時心跳過快、全身冒冷汗、肢體顫抖、高血糖等。
三、心肺系統病徵：包括呼吸急促、心跳過速或過慢、血壓上升或下降、脈搏微弱、輕微運動導致呼吸急促、臉色蒼白、皮膚發紺、手腳冰冷等。
肆. 及時轉診為救命關鍵，若能於重症前兆初期或病情出現不尋常變化時，即儘速轉診至醫療資源較為完善之大醫院，可以降低後遺症及死亡發生的機會。
壹. 臺灣歷年皆以腸病毒71型為造成重症及死亡之主要型別，本年迄今已有20例重症個案，皆由該型病毒造成。
貳. 腸病毒病程可能在4至6小時內急轉直下，如未密切監測，容易錯失救命時機。...應密切監測其生命徵象，如血壓、心搏、呼吸次數等，以掌握治療黃金時機，及時救治。腸病毒感染併發重症之前驅病徴如下：(詳見"腸病毒 71 型感染併發重症臨床處理注意事項"-壹)
一、嗜睡、意識改變、活力不佳、手腳無力。上述一般神經併發症多在發疹二至四天後出現。
二、肌躍型抽搐（類似受到驚嚇的突發性全身肌肉收縮動作）。
三、持續嘔吐。
四、持續發燒、活動力降低、煩躁不安、意識變化、昏迷、頸部僵硬、肢體麻痺、抽搐、呼吸急促、全身無力、心跳加快或心律不整等。
参. 疑似腸病毒重症轉診時機 (詳見"腸病毒 71 型感染併發重症臨床處理注意事項"-參)
一、神經系統病徵：包括持續昏睡、持續嘔吐、頻繁肌躍型抽搐、意識改變、急性肢體麻痺、抽搐、顱神經功能異常等神經學異常。
二、交感神經病徵：包括臉色蒼白、血壓上升、體溫正常時心跳過快、全身冒冷汗、肢體顫抖、高血糖等。
三、心肺系統病徵：包括呼吸急促、心跳過速或過慢、血壓上升或下降、脈搏微弱、輕微運動導致呼吸急促、臉色蒼白、皮膚發紺、手腳冰冷等。
肆. 及時轉診為救命關鍵，若能於重症前兆初期或病情出現不尋常變化時，即儘速轉診至醫療資源較為完善之大醫院，可以降低後遺症及死亡發生的機會。
登革出血熱死亡病例再現
疾病管制局致醫界通函第128號 (2011-10-27 公佈)
登革出血熱死亡病例再現，請諸位同好賢達提高警覺，疑似病例儘速通報。
旅遊居住史必問：(2011-10-27)
1. 群聚：高雄市苓雅區、三民區；
2. 地緣性群聚：臺北市(士林區)、澎湖縣、臺南市、屏東縣；
3. 散發病例：臺中市、苗栗縣、新北市。
症狀：2發2痛2酸：(發燒、皮膚發疹)、(頭痛、後眼窩痛)、(骨頭酸、肌肉酸)。
公費流感抗病毒藥使用對象
疾病管制局致醫界通函第124號
目前公費藥劑之使用對象及時機為：
(1)符合「流感併發症」通報病例、
(2)孕婦經評估需及時用藥者、
(3)伴隨危險徵兆之類流感患者、
(4)重大傷病、免疫不全或具心肺血管疾病、肝、腎及糖尿病等之類流感患者、
(5)過度肥胖之類流感患者(BMI>=35)、
(6)經傳染病防治醫療網正/副指揮官認可之類流感群聚事件、
(7)符合H5N1流感調查病例定義者、
(8)H5N1流感「疑似病例」、「可能病例」或「確定病例」之密切接觸者；
擴大適用時，除前列對象外，另增「高燒持續48小時之類流感患者」及
「家人/同事/同班同學有類流感發病者」2項使用條件。
公費流感用藥一覽
除第 7、8 項外全年適用
含第 7、8 項適用時段 12/01 ~ 03/31
目前公費藥劑之使用對象及時機為：
(1)符合「流感併發症」通報病例、
(2)孕婦經評估需及時用藥者、
(3)伴隨危險徵兆之類流感患者、
(4)重大傷病、免疫不全或具心肺血管疾病、肝、腎及糖尿病等之類流感患者、
(5)過度肥胖之類流感患者(BMI>=35)、
(6)經傳染病防治醫療網正/副指揮官認可之類流感群聚事件、
(7)符合H5N1流感調查病例定義者、
(8)H5N1流感「疑似病例」、「可能病例」或「確定病例」之密切接觸者；
擴大適用時，除前列對象外，另增「高燒持續48小時之類流感患者」及
「家人/同事/同班同學有類流感發病者」2項使用條件。
公費流感用藥一覽
除第 7、8 項外全年適用
含第 7、8 項適用時段 12/01 ~ 03/31
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